Руководство по установке mpich

Оглавление

• 7. NFS and MPIO
• 8. Тщательное тестирование.

7. NFS and MPIO

Для использования MPIO multihost на файловой системе nfs необходимо, чтобы nfs была версии 3 и чтобы совместные каталоги nfs были смонтированы с атрибутом «no» (noac) записи в кэш (каталоги не должны монтироваться автоматически). Если nfs смонтированы не так, может произойти следующая ошибка:

MPI.Barrier: Internal MPI error: No such file or directory File locking messages

Чтобы реконфигурировать NFS для правильного обращения с MPIO, необходима следующая последовательность шагов (требуется корневой доступ).

1. подтвердить, что используется nfs version 3

rpcinfo –p `hostname` – grep nfs

например, должно быть '3' во второй колонке пуска (column fire)

?rpcinfo –p fire – grep nfs 100003 3 udp 2049 nfs

Удивительно, но в системе V механизмы IPC (межпроцессорные коммуникации) не имеют атрибута «удалить при не использовании».

2. Отредактировать `/etc/fstab' для каждого каталога nfs с чтение/записью MPIO на каждой используемой машине для мульти-хоста MPIO. Вот пример правильной строки fstab для /epm1:

root ?grep epm1 /etc/fstab gershwin:/epm1 /rmt/gershwin/epm1 nfs bg,intr,noac 0 0

Если опции «noac» нет, добавьте ее и перемонтируйте этот каталог на каждой машине, на которых будут совместно использоваться файлы MPIO

root ?umount /rmt/gershwin/epm1 root ?mount /rmt/gershwin/epm1

3. Подтвердить, что каталоги смонтированы с noac

root ?grep gershwin /etc/mnttab gershwin:/epm1 /rmt/gershwin/epm1 nfs noac,acregmin=0,acregmax=0,acdirmin=0,acdirmax=0 0 0 899911504

Выключение атрибута кэширования может снизить производительность приложений MPIO и других приложений, пользующихся этим каталогом. Увеличится нагрузка на машину, на которой расположен каталог nfs.

8. Тщательное тестирование.

Каталог для примеров и тестов содержит подкаталоги небольших программ, которые систематически проверяют множество функций MPI. Команда make testing в каталоге mpich вызывает компиляцию этих программ, компоновку и выполнение, результаты которого сравниваются с ожидаемыми. Компоновка всех этих программ требует значительного пространства и вам может понадобиться выполнить

make clean

в каталоге тестов после окончания. Отдельные части MPI (point-to-point, collective, topology, и т.п.) могут тестироваться отдельно посредством

make testing

в отдельных подкаталогах для примеров/тестов. Если будут затруднения, сначала просмотрите руководство по устранению ошибок и перечни известных проблем. Если не поможет, пошлите детальную информацию в mpi-bugs@mcs.anl.gov.